Pierwsze zapiski o Polakach na ziemiach estońskich sięgają XVI wieku, gdy to fragment ziem stało się częścią Rzeczpospolitej Obojga Narodów. W Tartu (ówcześnie Dorpacie), polscy jezuici założyli kolegium, które teraz jest przekształcone w słynny uniwersytet. Uczyły się tam setki Polaków i tam również powstała pierwsza polska korporacja studencka „Konwent Polonia”. Zanim wybuchła I Wojna Światowa społeczność polską w Estonii stanowiło niemal 20 tysięcy ludzi, jednak po wojnie ta liczba zmalała do lewo 10 % pierwotnej sumy i głównie zostali w Tallinie, Tartu i Narvie. Sytuacja polepszyła się w latach trzydziestych, gdy nastąpiła emigracja przemysłowa ( ponad dwieście osób zatrudnionych zostało w kopalniach łupków bitumicznych w Kivoli), do tego stopnia, że przed II Wojną Światową liczba sięgała już około 4000.
Aktywna polityka polskich władz przyczyniła się do utworzenia takich polskich organizacji jak Związek Narodowy Polski „Jutrzenka” w Tartu i Związek Narodowy Polaków w Estonii w Tallinie. Istniał również polski teatr i polskie szkoły, polskie harcerstwo, a nawet Polska opieka duszpasterska. Towarzystwo zostało wyniszczone przez zbrodnie rosyjskie z lat II Wojny Światowej.
Kolejna fala napływowa Polaków dotarła na przełomie lat czterdziestych i pięćdziesiątych XX wieku. Byli to wracający żołnierze AK z rosyjskich łagrów, ale również Polacy z werbunku i Ci, z emigracji zarobkowej głownie z Białorusi i Litwy.
Po roku 1960 dwiema ostatnimi parafiami polskimi opiekował się ojciec Tadeusz Kraus, a liczba Polaków ustabilizowała się na poziomie 2,5 tys – 3 tys, z czego 2/3 z nich deklaruje, że ich podstawowym językiem jest rosyjski, natomiast zaledwie 20% posługuje się polszczyzną.
Przede wszystkim bardzo ważnym i pięknym wydarzeniem na kartach w relacjach polsko-estońskich jest małżeństwo Marii de domo Kruszewskiej (pierwszej damy Estonii) z generałem Johannem Laidonerem, naczelnym Armii Estońskiej. Więziona Maria Laidoner została wdową po zamęczonym przez rosjan podpułkowniku w 1953 roku i wróciła po 16 latach niewoli (zesłanie w 1940 przez NKWD w głąb ZSRR) do Estonii w 1956 roku.
